Yonatan “Yoni” Netanyahu fue miembro de la unidad de elite Sayeret Matkal de Fuerzas de Defensa de Israel (FDI). Su hermano más joven, Benjamin, fue primer ministro de Israel en el periodo 1996-1999, y sirve actualmente como líder de la oposición en la Knesset (parlamento unicameral, de 120 escaños). A Yoni le fue concedido la medalla del servicio distinguido por su conducta en la Guerra de Yom Kippur. Fue muerto en acción durante la operación Entebbe, en el aeropuerto del mismo nombre, en Uganda, donde militares israelíes rescataron a rehenes israelíes secuestrados por un grupo armado palestino. Él fue el líder del asalto y el único militar israelí muerto en la incursión.
Yonatan Netanyahu se unió a la FDI en 1964 y sobresalió en el curso de aprendizaje del oficial. Le dieron el mando de una compañía de paracaidistas. El 5 de junio de 1967, durante la Guerra de los Seis Días, su batallón libró la batalla de Um Katef, en el Sinaí. Durante la batalla, Yonatan recibió una herida a su codo mientras ayudaba a un soldado herido.
Después de la Guerra de los Seis Días, Netanyahu fue a los Estados Unidos para estudiar en la Universidad de Harvard, pero volvió un año más tarde debido a la Guerra de Desgaste. Siguió sus estudios en la Universidad Hebrea de Jerusalén, volviendo al servicio militar activo después de mitad del año.
En los años 70 se puede decir que él ensambló a los Sayeret Matkal (fuerzas especiales israelíes) y en el verano de 1972 fue designado como comandante en jefe de la unidad. Durante ese año, ordenó una incursión en la cual capturaron y fueron intercambiados oficiales sirios a cambio de pilotos israelíes prisioneros. El año siguiente participó en la Operación Primavera de Juventud en la cual su unidad y el Mossad mataron a los militantes y a una parte de la dirección de Septiembre Negro (grupo armado de la OLP que planificó la masacre de Munich, en 1972).
Durante la guerra de Yom Kippur, en octubre de 1973, Netanyahu ordenó a una fuerza de Sayeret Matkal en las alturas de Golan que mataran a más de 40 oficiales del comando sirio en una batalla que frustró la incursión de los sirios en los Altos del Golan. Durante la misma guerra, rescató al teniente coronel Yossi Ben Hanan, que estaba herido detrás de líneas sirias.
Después de la guerra, le concedieron a Netanyahu la medalla del servicio distinguido, la decoración militar más alta de Israel, por su conducta en tiempo de guerra. Netanyahu entonces se ofreció voluntariamente a servir como comandante en el ejercito debido a las grandes bajas infligidas en el cuerpo armado israelí durante la guerra, con un número desproporcionado de estos entre los oficiales. Netanyahu hizo el curso de ofical tanquista y recibió el mando de la brigada Barak, que fue destruida durante la guerra. Su brigada se convirtió en la principal unidad militar en las alturas de Golán.
En junio de 1975 Netanyahu dejó a el cuerpo armado y volvió a Sayeret Matkal como comandante de la unidad. Lo mataron en acción el 4 de julio de 1976 mientras comandaba la Operación Thunderbolt, su primera gran operación desde que volvió a la unidad. Netanyahu fue el único soldado israelí abatido durante la incursión (junto con 3 rehenes y docenas de ugandeses y de 6 militantes palestinos). La operación en sí misma se considera un éxito enorme con casi todos los rehenes rescatados.